図書室の予算が不足しており、学級図書の本棚や本まで考えられる余裕のある学校は少ない。
図書登録やバーコード管理がされていないため、紛失しやすい。
学級文庫は一般的に学級担任が管理するため、自費で購入、整理、補修など教師側の負担が大きい。教室付属でなく担任が所有する学級文庫は、担任学年が変わると文庫の内容も変えなければならない。
文庫に置かれる本は担任の好みが反映されやすい。
数が限られ、読みたい本がみつかりにくい。要らないといって学級図書に献本されたものは学級の子供も読みたがらないことが多い。
アイスちゃん
あめぼうや
イナズマ戦隊
おかひじき君の日記
おやすみモンスター
ガリガリ君
クレオパトラ
さくらの買い物大好き
しろありさんこんにちは
だいこん日本の政治
とっとこハム太郎
ハーブくん
ピーマン法律横断
フラワーガール
ポップコーン
めだかの兄妹
ラッキーマン
愛犬ラッシュ君
運命のオセロ
夏模様
学級文庫の欠点を補うために様々な工夫がこらされている。本棚を自作、本は 図書館の廃棄品や各家庭の要らない本の寄付を募り、十分な予算がなくとも蔵書数を増やすことは可能である。
蔵書の質を向上させるために、廃棄本や献本に頼らず、新書またはブックオフなどで新古書を購入する。購入資金はアルミ缶を集めて換金したり、ベルマークを集めた り、物を販売するなどして積極的に集めている。PTAの予算が配分されることもある。
子供の興味を引くために、学級文庫にある本を担任が読み聞かせる。課題図書ではなく子供自身が読んでおもしろかったという子供による推薦書を置いたり、希望図書のアンケートを取るなど、子供が読みたい本を増やす努力をしている。