キエフ大公国は10世紀末から11世紀前半にかけてウラジーミル聖公とヤロスラフ賢公の時に最盛期を迎えたが、その後は10以上の諸公国による割拠の態を示したばかりか、トルコ系騎馬民族ポロヴェツ人による介入をも招き、ルーシは混沌とした有様となった。
13世紀にはルーシの動揺は決定的となる。度重なる内紛によりルーシの統合は破壊された。東からはポロヴェツ人を打ち破ったモンゴルが襲来し、西からはローマ教皇の意を受けた「北の十字軍」[7]の侵略を受けた。バトゥに率いられた東からのモンゴル軍は、1237年にはウラジーミルを陥落させ、1240年にはポーランド・ハンガリーへの遠征の途中でキエフを陥落させた。西からのルーシに対する「北の十字軍」としては、スウェーデン軍がノヴゴロドの奪取を試み（1240年）、ドイツ騎士修道会はプスコフを占領した。
これら外憂のうち、西方からのスウェーデン軍・ドイツ騎士修道会は、いずれもウラジーミル大公アレクサンドル・ネフスキーによって撃退された（対ドイツ騎士修道会の戦闘としては1242年の「氷上の戦い」）。だがモンゴルに対しては、アレクサンドル・ネフスキーをはじめとし、ルーシ諸公は基本的に恭順の姿勢を示していくことになる。以降15世紀中葉に至るまで、ルーシはモンゴルの影響下に置かれることとなる。
モンゴルの支配は苛烈なものではあったが、ローマカトリックへの改宗を強制する「十字軍」とは違い信仰面においては比較的寛容だったため、キエフ府主教も基本的にはルーシ諸公の「西方諸国に断固とした姿勢で臨み、東のモンゴルには恭順する」という外交政策を支持していた。現実的問題として、当時のルーシ諸公には極めて強力なモンゴルの軍事力に対して徹底抗戦するだけの実力も統一性もなく、如何にモンゴルの支配が過酷なものであったとしても他に選択肢はなかったというのが実情であった。ルーシ諸公の内紛とモンゴルの介入は断続的に続き、ルーシは絶えず動揺にさらされていく。
経済面においては、十字軍による地中海交易の復興によるドニエプル川交易の衰退も相俟って、キエフはルーシの有力な地域としての地位を喪う。以後、北部のノヴゴロド公国、北東のウラジーミル・スーズダリ大公国、南西のハールィチ・ヴォルィーニ大公国などが、ルーシの主要構成員となっていった。
このような外憂内患を受けた結果が、キエフ府主教座の移転である。
キエフ及び全ルーシの府主教座の北東ルーシへの移転
ルーシ全域が混乱していた1249年、南西ルーシのハールィチ・ヴォルィーニ公ダニールはローマ教皇インノケンティウス4世から王号を受け、塗油と戴冠を受けた。こうしたダニールの動きに、コンスタンディヌーポリ総主教は脅威を感じる。キエフ府主教は先述の通りコンスタンディヌーポリ総主教の影響下にあり、コンスタンディヌーポリ総主教の利害の下に動いていた。ダニールの推挙を受けたキエフ府主教キリルでさえもその例外ではなかった。荒廃したキエフからの遷座[8]の行き先を決めるさい、親ローマの旗幟を鮮明にするハールィチ・ヴォルィーニ大公ダニールとは距離を置いたキリル府主教が着目したのは、ローマとの対決姿勢を鮮明にする北東ルーシのウラジーミルであった。
キリルはウラジーミルへの遷座の準備を精力的に進めたが、実現前に永眠する（1282年）。その後、北東ルーシ諸公の抗争のために遷座は暫く延期されたが、戦乱が収束した1299年、キリルの後継であるキエフ府主教マクシモスはウラジーミルへの遷座を実行した。
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府主教マクシモスは「キエフ及び全ルーシの府主教」の称号を初めて用いた府主教でもある。ウラジーミルへの遷座後もこの称号は維持され、キエフ及びルーシの府主教マクシモスは「ウラジーミル主教」を兼任。それまでのウラジーミル主教はロストフ主教に転出した。これはルーシの安定を志向した府主教座が、自らの称号に「全ルーシ」を加えることによって、ルーシが一体となった安定した姿を理想として提示しようとした意思表示でもあったとされる。「キエフ」の名を残したのは、キエフ以外の都市名を冠した第二府主教座の設置が、ルーシの教会組織の統一性の阻害要因になると判断されたためであった。
遷座により、モンゴルやローマカトリック諸国からの直接的脅威から免れるという目的は達成された。だがこれ以降、理想的状況とは程遠い北東ルーシ諸公の抗争が特にトヴェーリとモスクワの間で戦われていく中、キエフ府主教座は否応無しに政争に巻き込まれ、あるいは政争に介入せざるを得ない局面が生まれてくることになる。
キエフ及び全ルーシの府主教座は、1325年頃以降、モスクワへその根拠地を移転していくことになるが、これが定着するまでにはなお紆余曲折があった（後述）。